Nació en Torún, Polonia, el 19 de febrero de 1473. Su padre murió cuando Nicolás tenía sólo 10 años, quedando a cargo de su tío Lucas Watzelrode, canónigo y futuro Príncipe Obispo de Warmia, quien le posibilitó una excelente educación y una vida sin preocupaciones materiales.

En 1491 ingresó a la Universidad de Cracovia. Allí recibió enseñanzas astronómicas de Alberto Brundzewski, astrónomo muy competente. Copérnico deja Cracovia y es enviado por su tío Lucas a estudiar a Italia. Llegó primero a la Universidad de Bolonia, acompañado por su hermano Andrés. Allí conoció al astrónomo Doménico María de Novara (1454 1504). Su ejemplo impulsó a Copérnico a observar el cielo, pero jamás fue un observador destacado.

En 1497 es nombrado canónigo de la Diócesis de Warmia. Con eso obtuvo su independencia económica y continuó estudiando en Italia. Después de una breve estadía en Roma se dirige a Padua a estudiar Medicina y Derecho Canónico; obtiene el grado en Derecho Canónico de la Universidad de Ferrara. No es claro si obtuvo el título de médico en Padua pero en 1506 regresa definitivamente a Polonia. Hasta 1512 fue secretario y médico personal de su tío Lucas. Posteriormente se dirige a Frauenburg para tomar su puesto de canónigo. Compartió su tiempo entre el ejercicio de la medicina, sus estudios sobre varias disciplinas entre las cuales destaca la astronomía, con esporádicas responsabilidades administrativas en la Diócesis.